在商标侵权纠纷中，商标权利人可以向人民法院申请财产保全，以保护自身合法权益。申请财产保全的方式有两种，分别是线下纸件提交申请和线上电子提交申请，具体步骤如下：

线下纸件提交申请：

商标权利人需要向人民法院提交保全申请书、保单和保函等材料。

保全申请书需要写明申请人与被申请人的身份、通信地址、联系电话、请求事项和所依据的事实与理由、请求保全数额或者争议标的等内容。

线上电子提交申请：

商标权利人可以通过相关电子平台向人民法院提交申请。

具体的申请流程和要求可能因地区和法院的不同而有所差异，需要根据实际情况进行操作。

在申请财产保全时，商标权利人需要注意以下几点：

申请人需要提供相应的担保，以确保被申请人的合法权益不受损害。

保全申请书需要详细说明申请保全的理由和依据，以及需要保全的财产或资金的具体情况。

申请人需要在规定的时间内提交申请，并按照法院的要求缴纳相关费用。

申请人需要遵守法院的保全裁定，不得擅自处分被保全的财产或资金。

此外，商标侵权纠纷中还可以申请证据保全。根据《中华人民共和国商标法》第58条规定，为制止侵权行为，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，商标注册人或者利害关系人可以在起诉前向人民法院申请保全证据。申请诉前证据保全的程序如下：

管辖：向有商标侵权案件管辖权的人民法院提出。

申请：商标注册人或者利害关系人向人民法院提出申请，应当递交书面申请状并交纳费用，申请人申请诉前保全证据可能涉及被申请人财产损失的，人民法院可以责令申请人提供相应的担保。

裁定及通知：人民法院接受申请后，经审查符合规定的，应当在48小时内作出书面裁定。

裁定的执行：裁定采取保全措施的，应当立即开始执行。

裁定的解除：商标注册人或者利害关系人在人民法院采取保全措施后15日内不起诉的，人民法院解除保全措施。